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Plus de 60 % des espèces de plantes endémiques de l'est de l'Himalaya se trouvent au Bhoutan. Parmi les 5500 espèces de plantes vasculaires connues, au moins 50 sont spécifiques au Bhoutan lui-même. Et bien qu'une description complète de la flore bhoutanaise doive encore être formulée, on admet que plusieurs de ces espèces possèdent des propriétés de conservation exceptionnelles, certaines pour la recherche génétique, d'autres pour la recherche horticole.
770 espèces d'oiseaux sont enregistrées au Bhoutan et beaucoup d'autres restent inconnues. Le léopard des neiges, le mouton bleu, le panda rouge, le tigre, le takin, la marmotte et le porte musc sont quelques unes des espèces que l'on troue à haute altitude. La faune des zones tempérées comprend le tigre, le léopard, le goral, le singe gray langur, l'ours noir d'Himalaya, le panda rouge, le cerf sambar, le cochon sauvage et le cerf aboyeur. Les forêts tropicales du sud abritent des tigres, des léopards tachetés, des éléphants, des rhinocéros à une corne, des buffles domestiques, les singes golden langur, les cerfs des marais, les cerfs cochons, les calaos...
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